内乱に至る経緯は少々複雑である。師直と対立した直義は、兄の尊氏に迫って師直の執事職の解任を求めた。これを知った師直はにわかに京都に兵を入れ、直義を出家に追い込んだのである。ところがまもなく各地で直義派の武士たちが立ち上がり、隙をみて直義が京都を離脱した。これをもって、擾乱のはじまりとする。さらにその後、直義は、なんと敵の南朝に帰属してしまったのである。ずいぶん思い切った行動だ。
また、尊氏の子(長男だが庶子)で、直義の養子となっていた足利直冬も、直義派として九州を制圧、中国地方にまで力を伸ばすようになった。このため尊氏は、我が子・直冬を征伐するため西へと向かった。
すると直義は、南朝から尊氏追討の綸旨を得て、尊氏不在の京都へ乱入、尊氏の嫡男・義詮を追放し、さらに摂津国打出浜で尊氏軍を撃破したのである。
こうして尊氏を負かした直義は、講和の条件として高師直の身柄の引き渡しを要求した。尊氏が仕方なくこれに従うと、直義は師直を殺害したのである。
以後、幕政の実権は直義が握ったのだが、再び尊氏派の力が強くなると、直義は権力を維持できなくなり、京都を捨てて北陸へ逃亡した。
このとき尊氏はまことに意表をつく行動に出た。宿敵であった南朝と講和(服属)して直義追討の綸旨をもらったのである。やはり南朝が正統な朝廷であるという認識が、足利兄弟にはあったわけだ。