しょうゆ製造に関わる微生物にはいろいろある。まずは麹菌。日本酒づくりに用いる麹菌はAspergillus oryzaeだが、しょうゆとみそ造りに使うのはA. sojaeが多い。Sojaeとはsoy bean、つまり大豆からきている。日本酒造りは「一麹、二もと、三もろみ」という。
一方、醤油づくりは「一麹、二櫂、三火入れ」というのだそうだ。ただし、しょうゆづくりにも酵母(糸状菌ではないもの。日本酒でいえば、S. cerevisiae)が作用しており、主にはZygosaccharomyces rouxiiやその他のCandida属(C. versatilisやC. etchellsii)だ。Z.rouxii、C. versatilis, C. etchellsiiは耐塩性があるのが特徴で、塩辛いしょうゆの中でも死なないカビなのだ。
こうした菌たちがでんぷんから分解したグルコースをエタノールにすることがある。また、それだけでなく、4-ヒドロキシ-2(あるいは5)-エチル5(または2)-メチル−3(2H)-フラノンという異様に長い物質(略称HEMF)を生成する。これがしょうゆ香の主成分だ。
このようにしょうゆづくりの酵母はさまざまな物質を作って風味を複雑にしている。しょうゆづくりには乳酸菌も参加している。ここでの乳酸菌は、Tetragenococcus halophilusだ。グルコースから乳酸を作る。酸味を与えるだけでなく、pHの低下によって糖やアミノ酸にも作用して多様な風味をつくっているという。
■みそ
みそは加熱変性処理した米や麦に、やはり加熱変性処理した大豆、食塩、そして麹を加えて作られる。みそは「味が積み重なったもの」の意味で、日本人が作った単語なのだという(小泉武夫『醤油・味噌・酢はすごい』による)。
ただ、その語源には諸説あり、決着がついていない。麹によってたんぱく質やでんぷんがアミノ酸や糖に分解される。使われる麹はA. oryzaeやA. sojaeだ。さらにZ. rouxiiのような酵母やT. halophilusのような乳酸菌が発酵に参加してさまざまな物質が作られ、みそとなるそうだ。
こうしてみるとしょうゆづくりとみそ造りは参加している微生物という観点からはほとんど同じである。ただし、しょうゆが液体状で発酵させるのに対して、みそは固形のままで発酵を行う。みそ造りにも格言があり(みんなあるんですね)、「一焚き、二麹、三仕込み」なんだとか。麹がやや「格下げ」になっており、その役割は比較的小さいものとなる。