遠足や旅行に限らず、理科の実験や、体育の体操でも、「好きな人と組んで班をつくれ」という決め方がなされることがあります。もちろん、出かけたり勉強したりするとき、親しい子と一緒に取り組めるほうが、楽しいとは思います。先生としては、生徒たちにサービスをしているつもりかもしれません。
自主性を重んじている、といえば聞こえはいいでしょう。しかし、あぶれてしまう子が出てくる可能性がある限り、「適切な決め方」とはいえないように思います。むしろ自主性を重んじるのであれば、普段一人でいることを好む生徒がストレスを感じないようにする配慮があってもいいし、「友人がいない」と思われるのを強く嫌がる生徒の気持ちにも配慮があってもいいと思います。
グループを決めるのならば、くじ引きや、「座席で隣の生徒と組みなさい」「出席番号順に組みなさい」と、先生が相手を決めてしまうほうが、下手に不安にならずにすみ、ずっと安心感があると思うのですが……どうでしょうか。