最も大きく違う点は、切診の一つである「腹診(ふくしん)」です。医師がおなかに触れて、腹壁の緊張度、硬い場所や圧痛点の有無などを確かめることで、体質の強弱を判定し、処方を選ぶうえでの指標にします。腹診は、漢方の三大古典の一つ『傷寒論』にも出てくる基本的な診察方法ですが、日本では「万病は腹に根ざす」として重視し、独自に発展させています。

 一方、現在の中国漢方では、腹診はほとんど用いられていません。儒教の影響で他人におなかを見せることを嫌うようになり、廃れていったといわれています。その半面、望診の一つである「舌診(ぜっしん)」や切診の一つである「脈診(みゃくしん)」を重視する傾向があります。舌や脈は微妙な変化が現れやすく、病気の原因や性質を細かく診るのに役立つとされています。

 検査データなどをもとに病名を診断する西洋医学と違って、漢方では四診によって得られた情報をもとにからだの状態を「証(しょう)」という形で診断します。四診によって陰陽バランスの乱れや気・血・水の不足や滞り、五臓の不調などを見極めます。例えば、血の巡りが悪ければ「お血(けつ)」、腎の働きが低下していれば「腎虚(じんきょ)」が証になります。

 日本漢方では「方証相対」といって、一般的に証と処方を対応させる方法が用いられます。例えば、四診で「寒がる」「四肢の冷えがある」「足腰が弱くなる」「腰痛がある」「手足のしびれがある」「排尿のトラブルがある」といったことがわかると、「八味地黄丸証(はちみじおうがんしょう)」と診断され、八味地黄丸が処方されます。マニュアル化されているので実用的で習得しやすく、科学的な効果を証明するための比較試験に応用しやすいという利点があります。

 一方、中国漢方では「弁証論治(べんしょうろんち)」といって、「陰陽」「表裏」「寒熱」「虚実」などさまざまな指標から証を分析し、処方を決定していきます。

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処方の仕方も違う