「湘南ライナー」などライナー券や乗車整理券が必要な列車も「青春18きっぷ」を乗車券と同様に利用できる。ただし、普通列車でも指定席グリーン車の利用はできないので注意が必要だ(グリーン券のほか別途に乗車券も必要となる)。
また、「青春18きっぷ」は普通列車専用だが、特急に乗れる区間もある。
●石勝線:新夕張~新得間
●奥羽本線:新青森~青森間
●宮崎空港線:宮崎~宮崎空港間
●佐世保線:早岐~佐世保間
石勝線のこの区間は普通列車が運行されていないため、特急「おおぞら」などの普通車自由席に乗ることができる。ほかの3路線は普通列車も運行されているが、「青春18きっぷ」以外の普通乗車券などでも特急券不要の特例が設定されている。このうち、佐世保線の該当区間は日中の普通列車の運行がほとんどなく特急頼みの状態である。
ここで注意したいのが特例の有効条件だ。石勝線と奥羽本線では、特例区間を越えて特急に乗車する場合、実際に乗車する区間全部の乗車券と特急券が必要となり、特例を生かすことが全くできない。たとえ「青春18きっぷ」のほかに特例区間外の乗車券類をあらかじめ用意しておいてもムダで、たとえば、追分~新得間を移動するのに追分~新夕張間の乗車券と特急券を別途購入しても特例は適用されない。仮に、境界となる新夕張駅で車外に出たりしても、同じ列車に再び乗ると結果は一緒になる。
片や宮崎空港線と佐世保線ではやや緩やかで、特例区間外に有効な乗車券と特急券などと「青春18きっぷ」を組み合わせて特例を生かすことができる。
新幹線は「青春18きっぷ」での乗車はできないが、北海道新幹線の奥津軽いまべつ~木古内間に限り「青春18きっぷ北海道新幹線オプション券」(2300円)を別途に購入すれば片道1回普通車を利用できる。これは海峡線の普通列車が全廃されたための処置で、本州~北海道間の「青春18きっぷ」での移動を可能とした特例だ。
なお、在来線扱いで新幹線電車が乗り入れている博多南線と越後湯沢~ガーラ湯沢間は特急のみの運行ながら特例は設けられていない。